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副主任科員是“非領導職務”，雖然不是實職，但也是科級干部。在新《公務員法》未實施之前，有兩種途徑可以成為副主任科員：一種是直接晉升，按組織規(guī)定，機關單位中可以有不超過二分之一的“非領導職務”，也就是說，單位如果有3個領導職數(shù)，最多可以配備一名“非領導職務”，如果是4個領導職數(shù)，可以配備不超過2個“非領導職務”?！胺穷I導職務”的級別，也不得超過單位級別。如果是縣區(qū)一級正科級機構，非領導職務可以是主任科員，也可以是副主任科員，但不能直接任命副處級以上職務，也就是任命調研員或者副調研員。

另一種辦法是2015年推行的“縣以下公務員職務與職級并行制度”，任科員超過12年，級別達到23級，可以享受“副主任科員”待遇。這種待遇只體現(xiàn)在工資福利上，不與職務直接掛鉤。也就是說，通過“職級并行”享受更高級別“非領導職務”的人員，其實際職務級別并沒有發(fā)生改變，到退休的時候，還按晉升前的職級退休。職級并行套改“非領導職務”，只受條件限制，不受單位級別限制，比如縣區(qū)正科級機構，任正科滿15年、級別達到19級，可以晉升副處級待遇。

2019年6月1日新《公務員法》實施之后，“非領導職務”取消，再沒有“副主任科員”等職務概念，取而代之的是一至四級主任科員。職級并行政策也擴大到了所有的公務員序列和參公人員隊伍。無論是組織任命的副主任科員，還是通過職級并行獲得的副主任科員待遇，在新的職級并行政策中，一律套改為四級主任科員，按任職年限進行晉升，最高可以晉升為二級主任科員。副科實職不參加套改，但晉升和副主任科員沒有什么區(qū)別，也是按任職年限從四級主任科員起算。同時有過副主任科員和副科實職兩種任職經歷的，合并計算任職年限。